Godine 1952. je na lokaciji sadašnjeg Aerodroma Niš izgrađena prva betonska poletno-sletna staza dužine 1500m koja je služila za vojno letenje. Prateći razvoj mlaznih vojnih i civilnih aviona, 1972. godine je poletno-sletna staza produžena na 2200m i time omogućeno poletanje i tadašnjih savremenih mlaznih aviona tipa Caravela i kasnije DC-9 i drugih. JAT je tada, tokom leta, organizovao sezonske letove do mora neizmerno olakšavajući putovanje.
Ako znamo koliko je takav način putovanja do mora danas prijatniji – obzirom na rastojanje i geografske karakteristike puta do mora, možemo zamisliti koliko je to olakšanje bilo onda, kada su i putevi i vozila, odnosno vozovi bili neuporedivo slabiji.
Prepoznajući potrebe stanovnika ovog dela Srbije i svojih građana, prateći industrijalizaciju grada, naglašavajući atribute kojima su želeli da označe rast Niša kao industrijskog, univerzitetskog i regionalnog centra, tadašnje rukovodstvo Grada je 80-tih godina sve intenzivnije razmišljalo o izgradnji aerodroma na bazi postojećih objekata koje je koristila Vojska. Udruživanjem privrednih i političkih subjekata detaljno su pripremljeni uslovi i 1986. doneta odluka o osnivanju radne organizacije „Aerodrom Niš“.
To je obuhvatalo kako izradu stručnih urbanističkih, građevinskih, zanatskih i drugih projekata, izbor izvođača, izgradnju objekata, organizaciju Preduzeća, definisanja potrebne radne snage, prijem radnika, obuku, sve do verifikacije naučenog kod drugih preduzeća koja su se ovim već bavila, a uglavnom kod JAT-a. Tokom 1986. godine su izgrađeni pristanišna zgrada i potrebni prateći objekti. U okviru ovog projekta je asfaltom presvučena poletno sletna staza i ugrađen sistem svetlosnog obeležavanja koji je omogućio i letenje noću.
Svečana ceremonija otvaranja, sa sletanjem prvog aviona B737 i aeromitingom je održana 12. oktobra 1986. godine i od tada je aerodrom Niš u funkciji kao još jedna vazdušna luka u Jugoslaviji. Od tog trenutka kreće borba za saobraćaj, koja sa većim ili manjim intenzitetom traje do danas. Ono što je zanimljivo je da je ravnopravno sa JAT-om razvoj saobraćaja sa aerodroma u Nišu započela slovenačka kompanija Inex-Adria Airways.
Međutim promene na političkoj sceni Jugoslavije i poremećaji u odnosima među republikama 1990. godine naglo smanjuju putovanja ka Jadranu, Ljubljani i Zagrebu koja su bila najatraktivnija iz Niša.
Na kraju tog, početnog, perioda, uz drastični pad saobraćaja zbog krize u Zemlji, RO se odlukom osnivača, Skupštine opštine Niš, transformiše u samostalno Društveno preduzeće i prepušta tržištu.
U situaciji praktično potpunog prestanka saobraćaja (ostaje samo sezonski saobraćaj ka Tivtu) i potpunog osamostaljenja, finansirani su, izgrađeni i stvoreni osnovni uslovi za obavljanje poslova Robno-carinskog terminala za Grad Niš i uslovi za rad Turističke agencije i Trgovine. Obavljajući te alternativne poslove, Preduzeće je finansijski opstalo tokom sankcija, a zahvaljujući velikom zalaganju radnika (što je rezultat uticaja stvarno tržišnih uslova poslovanja, bez ikakvih dotacija), očuvan je istovremeno i kvalitetan rad osnovne delatnosti – aerodromskih usluga.
Tokom 90-tih Preduzeće je značajno poboljšalo kadrovsku strukturu i pokrenulo akciju u pozicioniranju Aerodroma u okviru vazdušnog saobraćaja tadašnje Jugoslavije. U uslovima ukupno smanjenog saobraćaja to je rezultiralo intenzivnijim korišćenjem Aerodroma kao alternativnog, zahvaljujući dobrim meteorološkim uslovima.
Godine 1998. je promet na aerodromu porastao zahvaljujući velikom prometu aerodroma u Prištini i značajnom broju maglovitih dana na njemu tokom kojih je saobraćaj veoma uspešno obavljan preko Niša.
Ali sledi 1999. godina, godina NATO bombardovanja i teških oštećenja. Skoro beznadežna situacija nakon uspostavljanja primirja omogućava minimalni nivo poslovanja. Pravimo analize i planove za slučaj da se dogode korenite promene i entuzijazam koji nas nosi sve vreme kroz teške 90-te nas dovodi u situaciju da smo oktobra 2000. imali sačinjenu analizu oštećenja i procenu moguće vrednosti radova popravke. To je omogućilo da se među prvima nađemo sa spremnim projektom obnove i investiranja. Predstavnici Norveške uočili su potencijal i značaj objekta i donacijom omogućili ponovno otvaranje Aerodroma.
Zahvaljujući tim finansijskim sredstvima, od decembra 2002. do 12. oktobra 2003. godine, u saradnji sa Vojskom Jugoslavije, izvršeno je razminiranje preostalih neeksplodiranih kasetnih bombi u reonu PSS-a, asfaltirane su manevarske površine, izgrađen toranj Aerodromske kontrole letenja i obnovljen je deo aerodromske opreme.
Aerodrom Niš je ponovo otvoren 12. oktobra 2003. godine. Tokom 2004. godine JAT Airways i Montenegro Airlines su počeli da obavljaju saobraćaj iz Niša za Cirih, Pariz i Tivat. Počev od pomenute 2004. godine, pa do 2007, broj putnika koji su sleteli i poleteli sa Aerodroma Niš se konstantno povećava, prateći trend razvoja definisan u Biznis planu Aerodroma 2004-2008.
U skladu sa okolnostima nastalim nakon otcepljenja Crne Gore i generalnom politikom koja je vođena u nadležnim organima Srbije u oblasti vazdušnog saobraćaja (tokom 2006. i 2007. godine), broj putnika u 2007. godini opada i na godišnjem nivou je smanjen za 14% u odnosu na prethodnu godinu. To se odrazilo na ukupno ekonomsko stanje u Preduzeću.