Istorijski arhiv Niš osnovan je kao arhivsko središte 24. aprila 1948.godine Odlukom Ministarstva prosvete NR Srbije, čime je u Nišu zvanično započela organizovana društvena briga o pisanim dokumentima.
U svojoj, bezmalo šest decenija dugoj istoriji, Arhiv je menjao naziv, organizaciju i teritorijalnu nadležnost. U periodu od 1951. do 1956. godine bio je Gradska državna arhiva, od 1956. do 1959. godine bio je Istorijski arhiv sreza Niš sa širokom teritorijalnom nadležnošću, koja je obuhvatala 16 opština srezova Niš, Prokuplje i Pirot.
Formiranjem okruga u Srbiji 1991. godine arhivska odeljenja u Prokuplju i Pirotu prerasla su u samostalne arhivske ustanove, a nadležnost Istorijskog arhiva Niš svedena je na teritoriju grada Niša i opština Ražanj, Sokobanja, Aleksinac, Svrljig, Merošina, Doljevac, Gadžin Han i Bela Palanka (Rešenje Vlade Republike Srbije o utvrđivanju teritorije arhiva, „Službeni glasnik RS“, br.7/96).
Delokrug rada Arhiva određen je Zakonom o kulturnim dobrima („Službeni glasnik RS“, br.71/94). Arhivi su ustanove od posebnog značaja koje se bave prikupljanjem, sređivanjem i čuvanjem arhivske građe. U niškom arhivu u 907 fondova čuva se oko 4000 dužnih metara arhivske građe, koja se ubraja u pokretna kulturna dobra. Ona obuhvata sve oblasti društvenog života – upravu i javne službe, pravosuđe, prosvetu, privredu i bankarstvo, društveno-političke organizacije, verske ustanove i organizacije, kao i značajnije porodične i lične arhivske fondove. U Arhivu se čuvaju i zbirke pozivnica, razglednica, čestitki, plakata, fotografija i zbirka varia.
Najstariji dokument koji se čuva u Istorijskom arhivu je bakrotisk iz 1737. god.
Arhivska građa u sređenim fondovima Istorijskog arhiva Niš otvorena je za javnost i dostupna istraživačima. Izuzetak od pravila regulisan je članom 39. Zakona o kulturnim dobrima.
Istorijski arhiv Niš je budžetska ustanova (osnivač je grad Niš), ima 21 zaposlenog radnika organizovanih u 5 službi: Služba sređivanja i obrade arhivske građe, Služba zaštite arhivske građe van arhiva, Služba depoa i tehničke zaštite arhivske građe sa laboratorijom za mikrofilmovanje, Informativno-propagandna služba sa bibliotekom i Opšta služba.
Istorijski arhiv Niš smešten je u Tvrđavi. Radi od svakog radnog dana od 8 do 15 časova.
